Strukturę organizacyjną, organizację kierowania, funkcje oraz zadania komórek organizacyjnych Komendy Powiatowej Policji w Mogilnie określa Regulamin Komendy Powiatowej Policji w Mogilnie z dnia 15 września 2006 r. z późniejszymi zmianami.
Komendą Powiatową Policji w Mogilnie kieruje Komendant Powiatowy Policji w Mogilnie przy pomocy Pierwszego Zastępcy Komendanta Powiatowego Policji w Mogilnie oraz bezpośrednio podległych kierowników komórek i jednostek organizacyjnych, policjantów i pracowników wyznaczonych do koordynowania pracy komórek organizacyjnych Komendy.
Komendant Powiatowy Policji w Mogilnie nadzoruje:
1) I Zastępcę Komendanta Powiatowego Policji;
2) Komórki organizacyjne:
- Zespół Kadr i Szkolenia i Prezydialny
- Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych
- Zespół Administracyjno-Gospodarczy
- Wydział Kryminalny
- Zespół Techniki Kryminalistycznej
- Referat Operacyjno-Rozpoznawczy
- Zespół do walki z Przestępczością Gospodarczą
- Jednoosobowe stanowisko dw. z Przestępczością Narkotykową
- Jednoosobowe Stanowisko do spraw Prasowo-Informacyjnych
- Jednoosobowe Stanowisko do spraw Bezpieczeństwa i Higieny Pracy
- Komisariat Policji w Strzelnie
- Zespół Kryminalny
- Zespół Dzielnicowych
- Zespół Patrolowo-Interwencyjny
- Jednoosobowe stanowisko ds. Wykroczeń
- Zespół Wspomagający
- Posterunek Policji w Jeziorach Wielkich
I Zastępca Komendanta Powiatowego Policji w Mogilnie nadzoruje:
- Wydział Prewencji i Ruchu Drogowego
- Referat Ruchu Drogowego
- Zespół Dyżurnych
- Zespół Dzielnicowych
- Zespół Patrolowo-Interwencyjny
- Zespół ds. Wykroczeń
- Jednoosobowe stanowisko do zarzadzania kryzysowego spraw obronnych i operacji policyjnych
- Jednoosobowe stanowisko ds. organizacji służby
- Jednoosobowe stanowisko ds. profilaktyki społecznej nieletnich i patologii
- Zespół ds. Łączności i Informatyki